Дворец назвали по имени владельца — Михайловским, однако, чтобы отличать его от Михайловского и Ново-Михайловского, приняли решение назвать его Мало-Михайловским. В действительности оснований именовать дворец именно таким образом мало, так как великий князь и дня не прожил в своей резиденции. Причиной стала высылка Михаила из России из-за его женитьбы на внучке Пушкина графине Софье Николаевне Меренберг. Живя за пределами страны великий князь решил продать Мало-Михайловский дворец. Покупателя долго не находилось, поэтому помещения сдавались в наём. В 1893 году здание сдаётся на 10 лет в аренду Управлению юго-западных железных дорог. В 1904 году по просьбе великого князя Александра Михайловича Мало-Михайловский дворец был передан Главному управлению торгового мореплавания и портов. После ликвидации этого учреждения в здании до сентября 1910 года работало Министерство промышленности и торговли. Особняк хотело приобрести Германское посольство, но из-за близости к морскому ведомству немцам было отказано.